PyMOL是一款基于Python语言的三维结构可视化软件，非常简单实用。现将Pymol用于分析蛋白与蛋白相互作用区域教程总结下来。
1.安装PyMOL软件，有两种来源：一是官网版，二是开源版。
1.1 官网版安装
官网：https://pymol.org/2/ ，官网安装，方便快捷，但需要注册，并支付相应费用。或者可以选择试用30天。30天后，一般功能不受影响，但渲染（Ray）后会出现水印，无法生成高质量的图片。
1.2 开源版可以通过网络上相关教程下载安装。
2. 下载蛋白复合物PDB文件：这里以8K4U（ BtKY72 spike receptor-binding domain (RBD) complexed with bat ACE2）为例子进行分享。
2.1 打开PDB官网https://www.rcsb.org/ ，搜索框输入8K4U，点击搜索，找对应PDB结构。
2.2 下载PDB格式文档，点击Download Files-Legacy PDB Format，下载文件保存在合适位置。
3. 导入PDB格式文件，打开PyMOL软件，点击File-Open-选择已下载的8K4U文件，3D图像可以通过鼠标拖动旋转。
4. 序列查看：点击菜单栏Display-sequence，即可展示氨基酸序列；
5. 设置显示两条链，在命令行键入如下命令（如果是两条蛋白序列，默认的名称是A和B），点击Enter键，右侧面板会增加seleA_rename_Chain A，seleB_rename_Chain B选项。
sele Chain A #select Chain A
set_name sele,seleA #rename Chain A
sele Chain B #select Chain B
set_name sele,seleB #rename Chain B
6. 设置两条链颜色，点击右侧面板seleA_rename_Chain A，点击“C”按钮，选择一种颜色，比如Cyan，选择后Chain A序列和3D结构图都变成Cyan颜色。
7.下载InterfaceResidues.py脚本保存到本地，命名为InterfaceResidues.py，点击菜单栏file-run script -InterfaceResidues.py, 运行脚本。
8. 查看蛋白互作区域：在命令行键入命令：interfaceResidue 8k4u, Chain A, Chain B (8k4u替换成你的projectname，即PDB文档名)，然后点击Enter键，右侧面板出现interface选项。
9. 点击interface选项，再点击“C”按钮，选择颜色，这里选择Red，3D图像的红色位置即为互作区域，在sequence panel可以看到具体哪些氨基酸互作（红色的为互作氨基酸）。
希望这篇科普文能帮助你快速学会利用PyMOL分析蛋白互作及互作区域。