一、简介
UniProt(Universal Protein Resource)是国际权威的蛋白质数据库,由欧洲生物信息学研究所(EBI)、瑞士生物信息学研究所(SIB)和美国蛋白质信息资源(PIR)联合维护。它整合了Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD等核心数据,提供蛋白质序列、功能注释、结构、互作及疾病关联等综合信息,覆盖从细菌到人类的各类物种。
二、使用方法
网站入口:https://www.uniprot.org
搜索方式:支持基因名、物种、关键词、序列(如BLAST)或数据库ID(如PDB、Ensembl)检索。
示例:搜索“TP53”可获取该蛋白的功能、结构及与癌症的关联信息。
条目详情:包括功能描述(如酶活性)、亚细胞定位、互作蛋白、翻译后修饰及相关文献。
三、优点
数据全面性与质量:Swiss-Prot的人工审核确保高准确性,TrEMBL提供广泛覆盖;UniProtKB每周更新,紧跟科研进展。
功能多样性:工具集成:内置BLAST、Align等工具,满足序列分析、ID转换等需求。跨物种覆盖:涵盖模式生物(如小鼠、果蝇)及病原体(如HIV、疟原虫)。
标准化与互操作性:直接链接至PDB(结构)、GO(功能注释)、Reactome(通路)等外部数据库。
四、应用场景
功能注释:解析新测序蛋白的功能(如酶活性或信号通路角色)
疾病研究:挖掘蛋白质与疾病的关联(如阿尔茨海默症相关蛋白APP)
药物开发:识别潜在药物靶点(如激酶或GPCR家族蛋白)
进化分析:通过多序列比对研究蛋白家族进化关系